Cette science et cette grande sagesse était parvenue en Égypte des siècles plus tôt avec les réfugiés du continent disparu, l'Atlantide, où de grandes réalisations humaines avaient été accomplies. De ces Atlantes rescapés du désastre, sans doute les plus sages, vint la connaissance des lois naturelles et des principes secrets qui permirent à l'Égypte de s'élever du plus primitif état d'existence à un niveau supérieur dans le domaine des arts et des sciences.
Ce fut durant cette période d'une centaine d'années seulement, où la grande sagesse fut apportée en Égypte et joyeusement acceptée par ses souverains, que l'Égypte abandonna ses huttes grossières et ses habitations souterraines, créa sa magnifique architecture et construisit ces édifices prestigieux, et développa son artisanat merveilleux jusqu'à son apogée. L'Ancien Empire est d'ailleurs considéré comme l'âge d'or de l'Égypte.
Mais la prêtrise païenne découvrit bientôt que cette grande connaissance et cette sagesse affaiblissaient son influence sur le peuple. C'est pourquoi elle inventa et établit officiellement ses principes religieux mythologiques qui graduellement amenèrent les Égyptiens à des croyances basées sur des idées superstitieuses, et détruisirent leur foi en leurs propres pouvoirs et capacités et en firent des mercenaires stupides et irréfléchis et des esclaves. Les enseignements de cette prêtrise furent soigneusement établis de siècle en siècle pour cacher la sagesse et détruire l'œuvre des anciens maîtres.
Ce fut dans le but de préserver cette sagesse secrète et ce grand héritage de connaissance et d'empêcher sa disparition complète du pays d'Égypte que certains des plus sages souverains et diplomates Égyptiens furent amenés à établir les Écoles Secrètes de Mystères. Nous parlons de ces écoles comme s'il y en avait eu de nombreuses en Égypte. En fait, il n'y avait qu'une école de mystères bien qu'elle ait eu un certain nombre de branches ou de lieux d'enseignement dans différentes parties d'Égypte. Les enseignements et les activités de cette organisation ne représentaient qu'une école. On ne lui donna aucun nom et elle n'eût aucun symbole particulier autre qu'une marque par laquelle un membre pouvait l'identifier ou se faire reconnaître lui-même comme initie. L'inscription indique que le siège ou principal centre des écoles de mystères d'Égypte se situa d'abord dans l'ancienne ville de Philadelphie, puis a Memphis avec une branche dans un lieu appelé Mizraïm, puis plus tard encore à Thèbes et à Louxor. Finalement, le dernier siège des Écoles de Mystères fut Akhetaton, la ville d'Akhénaton, sur les rives du Nil, à l'emplacement de l'ancienne ville de Tell el-Armarna.
Afin que la vie des étudiants de ces écoles de mystères, soigneusement choisis, éprouvés et préparés, puisse être protégée et afin qu'ils puissent se réunir en toute sécurité pour les cours et les études, un système très complexe d'activité secrète fut inventé et graduellement perfectionné